Aby zmienić określone ustawienia, należy zalogować się jako użytkownik autoryzowany. Dostępne są trzy role użytkowników: Administratora systemu, Operatora głównego i Użytkownika zaawansowanego. Posiadają one uprawnienia do edycji określonych grup ustawień. Nie ma potrzeby logowania się przed rozpoczęciem sesji. System wyświetli ekran logowania tylko wtedy, gdy użytkownik będzie chciał wykonać akcję specjalną.
Można wyłączyć lokalne konta w WebTools Express w sekcji [Bezpieczeństwo] — [Konfiguracja] — [Konfiguracja dostępu użytkownika] i włączyć autoryzację sieciową. Jeśli autoryzacja sieciowa jest włączona, nazwy użytkownika Active Directory są mapowane w rolach użytkownika (Administrator systemu, Operator główny lub Użytkownik zaawansowany). Po zalogowaniu się z użyciem danych uwierzytelniających Active Directory użytkownik jest uprawniony do zmiany wszystkich ustawień w WebTools Express, które odpowiadają jego roli użytkownika bez konieczności ponownego logowania.
Więcej informacji na temat uwierzytelniania sieciowego można znaleźć w sekcji plotWAVE-colorWAVE Systems Security - Administration guide na stronie https://downloads.cpp.canon.
Po zalogowaniu, sesja logowania trwa przez okres trwania sesji przeglądarki. Jeśli użytkownik nie był aktywny przez ponad 30 min, sesja dobiega końca i należy ponownie się zalogować.
Ze względów bezpieczeństwa zaleca się okresową zmianę hasła dla trzech trybów dostępu (Głównego operatora, Administratora systemu, Użytkownika zaawansowanego).
W przypadku kont lokalnych można to zrobić w programie WebTools Express.
Jeśli jest włączone uwierzytelnianie sieci, jest to regulowane przez politykę działu informatycznego w zakresie haseł.