A PDF a PRISMAprepare preferált fájlformátuma. A PDF fájlokon kívül a PRISMAprepare képes számos más (nem PDF) fájlformátum megnyitására is. Ezeknek a fájloknak a PDF formátumba való átalakítása a megnyitásukkor automatikusan megtörténik. A fájlok automatikus átalakításához a Microsoft Office 2010-es vagy újabb verziójára lesz szükség. A Microsoft Office által befogadott összes fájlformátum használható.